PHARMACOPHOR FOR DRUG DESIGN
Farmakofor merupakan deskripsi abstrak dari fitur molekul 3D yang
penting untuk rekognisi (mengakui) molekul ligan berdasarkan fungsi makromolekul( molekul besar) biologisnya. Ligan adalah molekul sederhana yang dalam senyawa kompleks
bertindak sebagai donor pasangan elektron (basa Lewis). Sedangkan Menurut
(IUPAC), farmakofor merupakan ensembel(Kombinasi)
fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekuler (pembentukan dan
pemutusan ikatan kovalen untuk membentuk molekul yang diinginkan), sehingga
adanya interaksi yang optimal antara ligan dan sel target (reseptor)
yang spesifik akan memicu atau memblok
respon biologisnya. Contoh farmakopor dari sediaan morfin sebagai berikut:
struktur morfin
pharmachopor opioid (morfin)
Fungsi
farmakofor:
1.
Mendifinisikan gugus penting dari obat yang berikatan dengan reseptor sel
target
2.
Menentukan struktur 3 dimensi dari suatu molekul obat
3. Untuk
mengetahui komformasi aktif dari struktur kimia obat
4. dapat
digunakan untuk desain Obat baru
langkah-langkah roses
pengembangan model farmakofor :
1. Pilih satu
set ligan yang akan digunakan untuk mengembangkan model farmakofor. Dimana model farmakofor harus dapat membedakan antara molekul dengan dan tanpa bioaktivitas.
Kumpulan molekul harus memiliki senyawa
aktif dan tidak aktif.
2.Analisis
konformasional-Buatlah satu set konformasi energi rendah yang cenderung mengandung
konformasi bioaktif untuk masing-masing molekul yang dipilih.
3. Himpunan
konformasi (satu konformasi dari masing-masing molekul aktif) yang menghasilkan
kecocokan terbaik dianggap sebagai konformasi aktif.
4. Abstraksi -
Transformasi molekul yang dilapiskan menjadi representasi abstrak. Contohnya :cincin
fenil yang dilapiskan dapat disebut sebagai elemen 'batang aromatik'
farmakofor. Demikian juga, gugus hidroksi dapat ditunjuk sebagai elemen
farmakofor donor / akseptor hidrogen-ikatan..
5. Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.
5. Validasi - Model farmakofor adalah hipotesis yang menghitung aktivitas biologis yang diamati dari sekumpulan molekul yang mengikat target biologis yang sama. Model ini hanya berlaku sejauh ia mampu menjelaskan perbedaan aktivitas biologis dari berbagai molekul.
Pertanyaan:
1. Bagaimana cara mengidentifikasi farmakofor dari sediaan
Antasida?
2. Bagaimana cara menentukan ikatan antara gugus
dengan molekul obat?
3. Bagaimana cara mendisain suatu obat baru
dari suatu senyawa yang sudah di ketahui khasiatnya?
4. Apa
hubungan antara konformasi aktif yang stabil dengan struktur 3 dimensi farmakofor?
DAFTAR
PUSTAKA
1.
Wermuth, C. G.;
Ganellin, C. R.; Lindberg, P.; Mitscher, L. A. (1998-01-01). "Glossary of terms used in medicinal chemistry (IUPAC
Recommendations 1998)".
Pure and Applied Chemistry (dalam bahasa Inggris). 70 (5). doi:10.1351/pac199870051129. ISSN 1365-3075.
2. Yang, Sheng-Yong. "Pharmacophore modeling and applications in drug
discovery: challenges and recent advances". Drug Discovery Today. 15 (11-12): 444–450. doi:10.1016/j.drudis.2010.03.013.
Hai kharina...
BalasHapusPemaparannya bermanfaat sekali,, saya coba jawab soal no 2:
untuk menentukan ikatan antara gugus dengan molekul obat dapat diketahui dengan cara yang pertama itu mengamati struktur dari zat aktif tersebut kemudian ditentukanlah gugus fungsi yang akan berikatan dan barulah mengidentifikasi jenis ikatan yang terbentuk apakah ikatan yang terbentuk itu ikatan ion atau jenis ikatan lain.
hai nia, terima kasih atas jawabannya.
HapusTerimakasih Karin, sangat bermanfaat 🤗 mencoba menjawab soal no 4
BalasHapusLangkah langkah dalam merancang obat dapat dijelaskan sebagai berikut :
Mencari senyawa penuntun (lead compound), yaitu senyawa yang digunakan sebagai awal
merancang obat baru, biasanya memiliki kelemahan seperti aktivitas lemah dan toksisitas besar.
Modifikasi molekul
Merumuskan hubungan kuantitatif antara struktur dan aktivitas biologisnya (HKSA).
Merancang senyawa yang menurut HKSA dari persamaan statistika lebih baik aktivitas dan kestabilannya
Mensintesis senyawa rancangan dan mengukur aktivitasnya dalam laboratorium
Merancang dosis, uji klinis hingga merancang formula.
Wahh benar sekali lexsa, identifikasi farmakopor ini sangat bermanfaat sekali terutama dalam pengembangan obat-obat baru yang memiliki efikasi farmakologis yang lebih baik dan tentunya dengan efek samping minimum
BalasHapusBaiklah kk akan mencoba menjawab pertanyaan Nomor 2 yaitu Cara menentukan ikatan dalam molekul obat yaitu dengan cara melihat struktur 3D nya, kemudian ditentukan apakah ikatan yg terbentuk merupakan ikatan hidrogen, ikatan kovalen maupun ikatan Van deer wals
BalasHapuswahh benar sekali kak roly, setiap ikatan yang terbentuk pada ligan akan mempengaruhi efek farmakologis dari molekul obat juga.
HapusBaiklah kk akan mencoba menjawab pertanyaan Nomor 2 yaitu Cara menentukan ikatan dalam molekul obat yaitu dengan cara melihat struktur 3D nya, kemudian ditentukan apakah ikatan yg terbentuk merupakan ikatan hidrogen, ikatan kovalen maupun ikatan Van deer wals
BalasHapusterima kasih atas jawabannya kak
HapusAssalamualaikum kharina saya akan mencoba menjawab pertanyaan no 1 pada intinya semua cara untuk mengidentifikasi farmakofor dari suatu senyawa adalah sama baik itu dari zat aktif antasida ataupun zat lain seperti morfin contohnya. Yaitu dengan cara Identifikasi farmakofor sebagai berikut:
BalasHapus· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
Waalaikumsalam warahmatullahi wabarakatuh Dyah. Wahh tepat sekali Dyah, syuqran atas jawabannya
HapusSaya akan mencoba menjawab no 3. Menurut saya jika suatu senyawa telah diketahui bioaktivitasnya, sperri antiinflamasi, antimikroba, antioksidan dll. Senyawa trsebut, diambil dari tanaman dengan cara isolasi senyawa murni. Senyawa murni yg didapat, dibuat dalam sediaan obat yg diinginkan sesuai dgn fungsinya, sperti antiinflamai dibuat dalam sediaan salep. Dan salep trsebut harus diujicobaakan ke makhluk hidup seperti mencit utk melihat efek farmakologinya. Namun dlm pendesainan obat ini juga harus disesuaikan dgn bentuk farmakofor dari senyawa aktifnya.
BalasHapusKalau begitu farmakopor suatu molekul obat juga bisa diamati pada isloat murni ya Ima?
HapusIsolat murniny bisa kita karakterisasi mggunakan alat instrumen ukh, seprti UV, IR, NMR, HPLC dll. jdi kita bisa tau bentuk molekulnya.
HapusMakasih kakak ilmunya sangat bermanfaat, saya akan mencoba menjawab pertanyaan Nomor 2 yaitu Cara menentukan ikatan dalam molekul obat yaitu dengan cara melihat struktur 3D nya, kemudian ditentukan apakah ikatan yg terbentuk merupakan ikatan hidrogen, ikatan kovalen maupun ikatan Van deer wals
BalasHapusIya dek sama-sama. Selain itu dengan memodifikasi salah-satunya ikatan yang terikat pada ligan juga dapat mempengaruhi efek farmakologis suatu obat ya
HapusAssalamualaikum kharin
BalasHapusSaya coba jawab no 3 iya
Menurut saya Cara mendesain obatNo 3 nes. Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
Waalaikumsalam nesti. Tepat sekali. Identifikasi farmakopor sangat penting untuk desain obat baru
HapusFarmakofor ini mau d ambil dari tanaman ��, ⚗, atau bahan lainnya?
BalasHapusJika dri tanaman bagian apa yg d ambil nya?
Farmakopor itu bisa diidentifikasi dari struktur kimia obat. Tapi juga bisa diidentifikasi dari bahan alam yg telah mengalami proses kompleks hingga diperoleh lead compound dari isolat murni
HapusBagian tanaman yang bisa digunakan yaitu bagian yang memiliki khasiat secara farmakologis. Contohnya bagian buah dari tumbuhan kina.
HapusWaw... Keren sekali artikelnya, saya tertarik untuk menjawab pertanyaan nomor 1...
BalasHapusCara mengidentifikasi farmakopor dari antasida yaitu:
Pertama tentukan struktur kimia antasida, kemudian tentukan mana ligan dan gugus berkhasiatnya beserta jenis ikatannya. Setelah itu diidentifikasi serta dapat dimodifikasi
Wahh semoga dengan diidentifikasi nya obat antasida, bisa ditemukan obat maag yang lebih aman dan tanpa efek samping ya
HapusTerima kasih karina, saya akan menjawab pertanyaan nomor 3
BalasHapusno 3. Menurut saya jika suatu senyawa telah diketahui bioaktivitasnya, sperri antiinflamasi, antimikroba, antioksidan dll. Senyawa trsebut, diambil dari tanaman dengan cara isolasi senyawa murni. Senyawa murni yg didapat, dibuat dalam sediaan obat yg diinginkan sesuai dgn fungsinya, sperti antiinflamai dibuat dalam sediaan salep. Dan salep trsebut harus diujicobaakan ke makhluk hidup seperti mencit utk melihat efek farmakologinya. Namun dlm pendesainan obat ini juga harus disesuaikan dgn bentuk farmakofor dari senyawa aktifnya.
Sama-sama. Benar sekali Mardiana. Jadi dalam desain obat baru harus disesuaikan dengan farmakopor dari senyawa induk (lead compound).
HapusNo 3 Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
BalasHapusTeima kasih atas jawabannya. Semoga dengan seiring perkembangan identifikasi farmakopor, juga akan ditemukan obat-obat baru yang bahkan tanpa efek samping ya
HapusAssalamualaikum wr wb
BalasHapusSaya akan menjawab pertanyaan No 3
Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
Terima kasih sil udah menjawab, semoga akan ditemukan. Lebih banyak obat dengan efikasi yang lebih baik
Hapusjawaban no 1. menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati stukur dari zat aktif itu sendiri, kemudian kita mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah HBD, HBA atau ikatan van der wall
BalasHapusTerima kasih Ade atas jawabannya. Bahkan perbedaan ikatan juga akan. Mempengaruhi efek farmakologis dari molekul obat juga
HapusAssalamualaikum kharina saya akan mencoba menjawab yang no 3 Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
BalasHapusWaalaikumsalam kak lea.semoga akan ditemukan obat-obat baru yg minim efek samping ya kak. Terutama untuk pengobatan cancer
Hapuskharina. venny mau nanya bagaimana peran farmakofor sehingga dpt Menentukan struktur 3 dimensi dari suatu molekul obat ?
BalasHapusBaiklah Venny. Peran farmakopor dalam menentukan struktur 3D molekul obat yaitu dengan menggunakan alat kemudian divirtualisasikan
HapusAssalamualaikum , terima kasih sudah menulis kharina, dsni sy akan mencoba menjawab pertanyaan
BalasHapusNo 3 Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
Waalaikumsalam Bella. Terima kasih atas jawabannya. Semoga akan berkembang obat-obat baru bahkan tanpa efek samping ya bel
HapusPemaparannya baik sekali. Saya akan mencoba memberikan opini saya mengenai pertanyaan no 3 Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
BalasHapusTerima kasih Ovi atas jawabannya
Hapussaya akan mencoba menjawab pertanyaan no 3 Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
BalasHapusIya saya setuju anggun. Terima kasih atas jawabannya
BalasHapusKereen kharin.
BalasHapusSaya tidak tahu banyak tentang farmasi, tapi saya akan coba menjawab pertanyaan no.2
Dimana, untuk menentukan ikatan gugus dengan molekul obat dapat diketahui dengan cara mengamati struktur dari zat aktif tersebut, setelah nya baru ditentukan gugus fungsi yang akan berikatan,kemudian diidentifikasi jenis ikatan yang terbentuk, apakah itu merupakan ikatan ion atau ikatan lain.
:)
Terima kasih kak, blog nya sangat bermanfaat 😊😊
BalasHapusHay karina. Dimanakah saya bisa mendapatkan akses Program MOE dalam penentuan farmakofor?
BalasHapusHai kharina saya coba jawab no 2
BalasHapusuntuk menentukan ikatan antara gugus dengan molekul obat dapat diketahui dengan cara yang pertama itu mengamati struktur dari zat aktif tersebut kemudian ditentukanlah gugus fungsi yang akan berikatan dan barulah mengidentifikasi jenis ikatan yang terbentuk apakah ikatan yang terbentuk itu ikatan ion atau jenis ikatan lain.
hay karina..
BalasHapuspemaparan anda sungguh baik.. saya ingin bertanya bagaimana langkah dalan mengunakan parmakoper?
Hai Kharina.
BalasHapusSaya akan menjawab pertanyaan no 1.
Cara mengidentifikasi farmakopor dari antasida yaitu:
Pertama tentukan struktur kimia antasida, kemudian tentukan mana ligan dan gugus berkhasiatnya beserta jenis ikatannya. Setelah itu diidentifikasi serta dapat dimodifikasi.
Assalamualaikum kak, terimakasih untuk materinya kak 😊 baiklah anis akan coba jawab no 1 kak.
BalasHapusCara mengidentifikasi farmakopor dari antasida yaitu:
Pertama tentukan struktur kimia antasida, kemudian tentukan mana ligan dan gugus berkhasiatnya beserta jenis ikatannya. Setelah itu diidentifikasi serta dapat dimodifikasi
Assalamualaikum,,hay kharina
BalasHapusdian akan mncba mnjwab soal nmr 3.dimana Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
Terima kasih atas materinya. Bermanfaat dan mudah d pahami:)
BalasHapusAssalamualaikum,,hay kharina
BalasHapusdian akan mncba mnjwab soal nmr 3.dimana Cara mendesain obat baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping baru jika khasiatnya sudah diketahui yaitu dengan cara memodifikasi gugus yang terikat pada ligan, kemudian dioptimasi agar diperoleh obat baru dengan efek farmakologis yg lebih baik dan minim efek samping
Terima kasih kharina
BalasHapusPemaparannya bermanfaat sekali,, saya coba jawab soal no 2:
untuk menentukan ikatan antara gugus dengan molekul obat dapat diketahui dengan cara yang pertama itu mengamati struktur dari zat aktif tersebut kemudian ditentukanlah gugus fungsi yang akan berikatan dan barulah mengidentifikasi jenis ikatan yang terbentuk apakah ikatan yang terbentuk itu ikatan ion atau jenis ikatan lain.
Assalamu'alaikum khar,
BalasHapusAna akan mencoba menjawab,
No 1 . Cara mengidentifikasi farmakopor dari antasida yaitu:
Pertama tentukan struktur kimia antasida, kemudian tentukan mana ligan dan gugus berkhasiatnya beserta jenis ikatannya. Setelah itu diidentifikasi serta dapat dimodifikasi
assalamualikum. saya akan mencoba bertanya pada karina, apa saja contoh obat yang menggunakan identifikasi farmakofor ?
BalasHapusSaya akan mencoba menjawab no 3. Menurut saya jika suatu senyawa telah diketahui bioaktivitasnya, sperri antiinflamasi, antimikroba, antioksidan dll. Senyawa trsebut, diambil dari tanaman dengan cara isolasi senyawa murni. Senyawa murni yg didapat, dibuat dalam sediaan obat yg diinginkan sesuai dgn fungsinya, sperti antiinflamai dibuat dalam sediaan salep. Dan salep trsebut harus diujicobaakan ke makhluk hidup seperti mencit utk melihat efek farmakologinya. Namun dlm pendesainan obat ini juga harus disesuaikan dgn bentuk farmakofor dari senyawa aktifnya.
BalasHapuspostingannya sangat bermanfaat dan sangat membantu saya dalam pembuatan tugas. terikasih kak :)
BalasHapusAssalamualaikum kharina
BalasHapusPenjelasannya sangat membantu
Terimakasih :)
hay kharina, terimakasih untuk artikelnya sangat menarik dan membantu saya sekali
BalasHapusSemoga benar yaa karin, saya akan menjawab no .menentukan ikatan dalam molekul obat yaitu dengan cara melihat struktur 3D nya, kemudian ditentukan apakah ikatan yg terbentuk merupakan ikatan hidrogen, ikatan kovalen maupun ikatan Van deer wals
BalasHapusjawaban no 1. menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati stukur dari zat aktif itu sendiri, kemudian kita mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah HBD, HBA atau ikatan van der wall
BalasHapusHai karina saya ingin menanyakan identifikasi ini dilakukan untuk bahan obat sintetis atau alami ya?
BalasHapusHai kharina.saya mw bertanya.apakah smw jenis obat harus di desain menggunakan FARMAKOFOR. Jika tidak contoh obat apa saja yg menggunakan dan tidak menggunakan.termia kasih
BalasHapusHai kharina.saya mw bertanya.apakah smw jenis obat harus di desain menggunakan FARMAKOFOR. Jika tidak contoh obat apa saja yg menggunakan dan tidak menggunakan.termia kasih
BalasHapusBagus yaa penjelasannya jadi lebih mudah dipahami, gimana ya sebenarnya metode rapid itu biar lebih mudah dimengerti?
BalasHapusjawaban no 1. menentukan ikatan farmakofor dapat dilakukan dengan mengamati stukur dari zat aktif itu sendiri, kemudian kita mengidentifikasi jenis ikatan yang terjadi apakah HBD, HBA atau ikatan van der wall
BalasHapusNiceeeee
BalasHapusMaterinya sangat membantu
BalasHapusTerima kasih atas pemaparannya kak :)
BalasHapusHay kakak. Bagus dan Bermanfaat sekali materinya 👍
BalasHapusHai kharin, artikel nya sangat bermanfaat sekali. Sering-sering posting artikel seperti ini ya. Terima kasih
BalasHapusAssalamualaikum....
BalasHapusKak ini sangat bermanfaat dan mudah dipahami
Trimaksaih karina , artikel yang sangat membantu
BalasHapusTrimaksaih karina , artikel yang sangat membantu
BalasHapusTrimaksaih karina , artikel yang sangat membantu
BalasHapusKomentar ini telah dihapus oleh pengarang.
BalasHapusHai kharina, artikel nya sangat bermanfaat Dan mudah untuk dipahami, Sering-sering posting artikel seperti ini ya. Terima kasih
BalasHapus